DNA合成儀采用一定壓力的惰性氣體（氬氣）或氮氣及電磁閥組驅動液體試劑，也可采用氦氣驅動試劑。某些合成儀采用slider block滑塊系統及精密蠕動泵，可不采用氣體為驅動系統。采用氣體及電磁閥驅動液體試劑時，需首先將管路系統電磁閥前段，含試劑瓶組中壓力加壓到規定氣壓，通過合成管理軟件或手動打開電磁閥（一般打開時間為數ms），即可驅動液體試劑到所需的合成柱中。 DNA合成儀的一般原則需要保持內外氣體隔絕，因此無論試劑瓶、堿基瓶均需密封保持一定壓力。所有壓力管路目前均采用特氟龍導管，直徑為1/16—1/8吋。
每個瓶子都有一個氬氣壓力管道及輸送管道進入瓶蓋插塞，對于亞磷酰胺，1—8號瓶其壓力管道也作為排氣管。氬氣管要保持在液體水平以上，而輸送管卻伸到瓶的底部。當閥門正確設置打開時，儲液瓶上部空間由氬氣加壓，液體被推進輸送管，流到其目的地。
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